D’après la page de manuel d’apt.conf, apt est censé utiliser la variable d’environnement http_proxy par défaut. As-tu vérifiée qu’elle est bien définie dans l’environnement courant ?
Ceci dit apt pouvant utiliser les enregistrements DNS de type SRV pour identifier le miroir à utiliser, il se peut donc qu’il ait quand même besoin de faire une requête DNS avant de contacter le proxy.