L’idéal pour ce genre de situations est un système de fichiers journalisé comme ext3 ou ext4, sachant qu’ils sont rétrocompatibles avec ext2 (= on peut les “transformer” en ext2 dynamiquement en passant une option lors du montage, et toutes les données provenant d’un ext2 seront conservés lors d’une migration en ext3/4).
Le gros avantage pratique de l’ext4 par rapport à ext3, c’est lors d’un fsck, c’est quasi instantané, ça prend 5 secondes contre 5-10 minutes sur un ext2/3.
Donc au final je te conseille l’ext4. En plus il fragmente encore moins les fichiers que l’ext3, donc c’est tout bénéf pour économiser les cycles de ta Flash et c’est toujours un peu plus rapide (ceci dit c’est totalement négligeable sur les cartes Flash, tu vas gagner genre 1 millionième de seconde par jour ; en revanche ça peut faire la différence sur une clé USB car elles ont tendance à lire par blocs et ça peut très vite ralentir le système s’il y a plein de fragments dans plein de blocs différents).