Salut,
Je ne comprends pas la logique de tes sauvegardes. Une sauvegarde, c’est à sens unique, avec un répertoire source, et une destination (ici sur disque externe). Si tu inverses les choses, il est normal que certains fichiers soient écrasés par de plus anciens. Voire que certains disparaissent purement et simplement
(s’ils n’ont jamais été sauvegardés sur le disque ext et que là t’envoie la sauvegarde inversée !).
Exemple : lundi matin je bosse sur un fichier de /home, le soir je fais une sauvegarde avec rsync vers le dd externe. Ok.
Mardi, idem, je modifie le ficher dans /home, le soir j’envoie la sauvegarde, le dd ext remplace le fichier de lundi par celui de mardi.
Par contre, si mercredi je retravaille sur le fichier dans /home, et que le soir, je fais une sauvegarde “inversée”, la source est alors le ddext, la destination /home. rsync va logiquement supprimer tous les fichiers de /home absents du dd ext (ici le fichier modifié mercredi matin et non sauvegardé sur le dd ext) et y mettre ceux du dd ext, ici le fichier de mercredi matin sera bel et bien remplacé par celui de mardi soir ! 
L’inversion source/destination, c’est pour restaurer un dossier dans un /home tout neuf par exemple après un crash de disque dur.