Kernel Panic après Mise à jour. (testing)

Support Debian
#1

Bonjour,
Tout d’abord, j’utilise le dépot Bookworm, mes mise à jour s’effectuent depuis ce dernier. J’ai effectué une mise à jour avec « apt dist-upgrade ».

J’ai eu une erreur lors de l’installation de linux-header et linux-image. Malheureusement, je n’ai plus accès à ce message d’erreur. Il me semble qu’il me parlait de « cron » qui avait été remplacé et de rétrocompatibilité. La session est resté allumé, mais l’ordi est passé en hibernation, et c’est au retour d’hibernation que le PC refuse de démarer avec le message suivant:

[ 1.031513] Kernel panic - not syncing: VFS: Unable to mount root fs on unknown-block(0,0)
[ 1.031535] CPU: 0 PID: 1 Comm: swapper/0 Not tainted 6.1.0-1-amd64 #1 Debian 6.1.4-1
[ 1.031555] Hardware name: Micro-Star International Co., Ltd. MS-7C37/X570-A PRO (MS-7C37), BIOS H.D0 05/14/2021
[ 1.031578] Call Trace:
[ 1.031585]     \<TASK>
[ 1.031592]     dump_stack_lvl+0x44/0x5c
[ 1.031604]     panic+0x118/0x2bd
[ 1.031615]     mount_block_root+0x1d3/0x1e6
[ 1.031628]     prepare_namespace+0x136/0x165
[ 1.031639]     kernel_init_freeable+0x25c/0x286
[ 1.031651]     ? rest_init+0xd0/0xd0
[ 1.031663]     kernel_init+0x16/0x130
[ 1.031673]     ret_from_fork+0x22/0x30
[ 1.031685]     \</TASK>
[ 1.032711] Kernel Offset: 0x35e00000 from 0xffffffff81000000 (relocation range: 0xffffffff80000000-0xffffffffbfffffff)
[ 1.032743] ---[ end Kernel panic - not syncing: VFS: Unable to mount root fs on unknown-block(0,0) ]---

J’imagine un chroot mais je ne sais pas trop quoi faire… Si quelqu’un a une suggestion, je suis preneur.^^
La réinstallation n’interviendra qu’en ultime recours.

J’espère avoir donné toutes les infos nécessaire, mais n’hésitez pas si vous pensez qu’il manque des éléments.

Merci pour tout.

#2

Quel était ce message d’erreur ? C’est peut-être la génération de l’initramfs qui a échoué (espace disque insuffisant ?), ce qui expliquerait le kernel panic « unable to mount root ».

Au menu de GRUB, appuie sur la touche « e » de l’entrée par défaut pour voir s’il y a une ligne « initrd ». S’il n’y en a pas, le problème vient de là. Si le noyau précédent est encore présent, tu devrais pouvoir démarrer en le sélectionnant dans le menu « options avancées » de GRUB. Sinon, il faudra démarrer avec un installateur en mode rescue et lancer un shell sur la racine, ou avec un système live et chrooter sur la racine.
Ceci fait, il faudra vérifier l’espace disque dans / et /boot si séparé, puis regénérer l’initramfs, soit en relançant l’installation du noyau (apt-get upgrade devrait le faire, sinon avec update-initramfs).

#3

Tout d’abord, merci pour cette réponse rapide.

Effectivement en appuyant sur « e » sur l’entrée par défaut de Grub, il n’y a pas de ligne « initrd ».
J’avais oublié que Grub pouvait charger différents noyaux, merci de me l’avoir rappellé, j’ai ainsi pu booter correctement. :slight_smile: Et donc récupérer les différents messages d’erreur.

Cependant, sur « / » j’ai environ 80Go de diponible, et sur « /boot », il me reste quasi 300 Mo, ce qui me semble large pour une partition « /boot ». Donc je ne pense pas que le problème vienne de l’espace disque.

$ sudo apt upgrade

Paramétrage de linux-image-6.1.0-1-amd64 (6.1.4-1) ...
/etc/kernel/postinst.d/dkms:
dkms: running auto installation service for kernel 6.1.0-1-amd64:Sign command: /usr/lib/linux-kbuild
-6.1/scripts/sign-file
Signing key: /var/lib/dkms/mok.key
Public certificate (MOK): /var/lib/dkms/mok.pub

Building module:
Cleaning build area...
make -j24 KERNELRELEASE=6.1.0-1-amd64 -C /lib/modules/6.1.0-1-amd64/build M=/var/lib/dkms/xtrx/0.0.1
+git20190320.5ae3a3e-3.1/build...(bad exit status: 2)
Error! Bad return status for module build on kernel: 6.1.0-1-amd64 (x86_64)
Consult /var/lib/dkms/xtrx/0.0.1+git20190320.5ae3a3e-3.1/build/make.log for more information.
Error! One or more modules failed to install during autoinstall.
Refer to previous errors for more information.
 failed!
run-parts: /etc/kernel/postinst.d/dkms exited with return code 11
dpkg: erreur de traitement du paquet linux-image-6.1.0-1-amd64 (--configure) :
 installed linux-image-6.1.0-1-amd64 package post-installation script subprocess returned error exit
 status 1
dpkg: des problèmes de dépendances empêchent la configuration de linux-image-amd64 :
 linux-image-amd64 dépend de linux-image-6.1.0-1-amd64 (= 6.1.4-1) ; cependant :
 Le paquet linux-image-6.1.0-1-amd64 n'est pas encore configuré.

dpkg: erreur de traitement du paquet linux-image-amd64 (--configure) :
 problèmes de dépendances - laissé non configuré
Paramétrage de linux-headers-6.1.0-1-amd64 (6.1.4-1) ...
/etc/kernel/header_postinst.d/dkms:
dkms: running auto installation service for kernel 6.1.0-1-amd64:Sign command: /usr/lib/linux-kbuild
-6.1/scripts/sign-file
Signing key: /var/lib/dkms/mok.key
Public certificate (MOK): /var/lib/dkms/mok.pub

Building module:
Cleaning build area...
make -j24 KERNELRELEASE=6.1.0-1-amd64 -C /lib/modules/6.1.0-1-amd64/build M=/var/lib/dkms/xtrx/0.0.1
+git20190320.5ae3a3e-3.1/build...(bad exit status: 2)
Error! Bad return status for module build on kernel: 6.1.0-1-amd64 (x86_64)
Consult /var/lib/dkms/xtrx/0.0.1+git20190320.5ae3a3e-3.1/build/make.log for more information.
Error! One or more modules failed to install during autoinstall.
Refer to previous errors for more information.
 failed!
run-parts: /etc/kernel/header_postinst.d/dkms exited with return code 11
Failed to process /etc/kernel/header_postinst.d at /var/lib/dpkg/info/linux-headers-6.1.0-1-amd64.po
stinst line 11.
dpkg: erreur de traitement du paquet linux-headers-6.1.0-1-amd64 (--configure) :
 installed linux-headers-6.1.0-1-amd64 package post-installation script subprocess returned error ex
it status 1
dpkg: des problèmes de dépendances empêchent la configuration de linux-headers-amd64 :
 linux-headers-amd64 dépend de linux-headers-6.1.0-1-amd64 (= 6.1.4-1) ; cependant :
 Le paquet linux-headers-6.1.0-1-amd64 n'est pas encore configuré.

dpkg: erreur de traitement du paquet linux-headers-amd64 (--configure) :
 problèmes de dépendances - laissé non configuré
Des erreurs ont été rencontrées pendant l'exécution :
 linux-image-6.1.0-1-amd64
 linux-image-amd64
 linux-headers-6.1.0-1-amd64
 linux-headers-amd64
E: Sub-process /usr/bin/dpkg returned an error code (1)

$ sudo update-initramfs -u
update-initramfs: Generating /boot/initrd.img-6.0.0-6-amd64

Pendant ma mise à jour, j’ai également eu ce message:

anacron (2.3-36) unstable; urgency=medium

If you run Debian testing/unstable and ever installed anacron 2.3-33 on
  a systemd based system, then anacron will no longer be enabled and the
  daily/weekly/monthly cron jobs will not be run until it is.

Since not all cron jobs have migrated to systemd timers, Debian
  testing/unstable systems with systemd and anacron may be missing
  some essential cron jobs, such as making backups of aptitude state.

To see if a system is affected you can use these commands:

 zgrep -i anacron.*2.3-33 /var/log/apt/history.log*
    systemctl status anacron.service anacron.timer

To re-enable anacron you can use these commands:

 sudo systemctl enable anacron.service anacron.timer
 sudo systemctl start anacron.service anacron.timer

En complément voici le tout premier message de plantage:

I: /vmlinuz.old is now a symlink to boot/vmlinuz-6.0.0-6-amd64
I: /initrd.img.old is now a symlink to boot/initrd.img-6.0.0-6-amd64
I: /vmlinuz is now a symlink to boot/vmlinuz-6.1.0-1-amd64
I: /initrd.img is now a symlink to boot/initrd.img-6.1.0-1-amd64
/etc/kernel/postinst.d/dkms:
dkms: running auto installation service for kernel 6.1.0-1-amd64:Sign command: /usr/lib/linux-kbuild
-6.1/scripts/sign-file
Signing key: /var/lib/dkms/mok.key
Public certificate (MOK): /var/lib/dkms/mok.pub

Building module:
Cleaning build area...
make -j24 KERNELRELEASE=6.1.0-1-amd64 -C /lib/modules/6.1.0-1-amd64/build M=/var/lib/dkms/xtrx/0.0.1
+git20190320.5ae3a3e-3.1/build...(bad exit status: 2)
Error! Bad return status for module build on kernel: 6.1.0-1-amd64 (x86_64)
Consult /var/lib/dkms/xtrx/0.0.1+git20190320.5ae3a3e-3.1/build/make.log for more information.
Error! One or more modules failed to install during autoinstall.
Refer to previous errors for more information.
 failed!
run-parts: /etc/kernel/postinst.d/dkms exited with return code 11
dpkg: erreur de traitement du paquet linux-image-6.1.0-1-amd64 (--configure) :
 installed linux-image-6.1.0-1-amd64 package post-installation script subprocess returned error exit
 status 1

Et voici le retour de:

$ cat /var/lib/dkms/xtrx/0.0.1+git20190320.5ae3a3e-3.1/build/make.log

DKMS make.log for xtrx-0.0.1+git20190320.5ae3a3e-3.1 for kernel 6.1.0-1-amd64 (x86_64)
lun. 23 janv. 2023 13:01:57 CET
make : on entre dans le répertoire « /usr/src/linux-headers-6.1.0-1-amd64 »
  CC [M]  /var/lib/dkms/xtrx/0.0.1+git20190320.5ae3a3e-3.1/build/xtrx.o
/var/lib/dkms/xtrx/0.0.1+git20190320.5ae3a3e-3.1/build/xtrx.c:518:27: error: initialization of ‘void (*)(struct uart_port *, struct ktermios *, const struct ktermios *)’ from incompatible pointer type ‘void (*)(struct uart_port *, struct ktermios *, struct ktermios *)’ [-Werror=incompatible-pointer-types]
  518 |         .set_termios    = xtrx_uart_set_termios,
      |                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
/var/lib/dkms/xtrx/0.0.1+git20190320.5ae3a3e-3.1/build/xtrx.c:518:27: note: (near initialization for ‘xtrx_uart_ops.set_termios’)
cc1: some warnings being treated as errors
make[1]: *** [/usr/src/linux-headers-6.1.0-1-common/scripts/Makefile.build:255 : /var/lib/dkms/xtrx/0.0.1+git20190320.5ae3a3e-3.1/build/xtrx.o] Erreur 1
make: *** [/usr/src/linux-headers-6.1.0-1-common/Makefile:2017 : /var/lib/dkms/xtrx/0.0.1+git20190320.5ae3a3e-3.1/build] Erreur 2
make : on quitte le répertoire « /usr/src/linux-headers-6.1.0-1-amd64 »
#4

https://bugs.debian.org/cgi-bin/bugreport.cgi?bug=1029135

#5

Merci beaucoup! :slight_smile: Je vais essayer de me dépanner avec ça.

#6

J’ajoute que c’est un problème classique avec les modules externes : l’ABI du noyau n’est pas stable, donc chaque nouvelle version de noyau est susceptible d’introduire un changement de l’ABI nécessitant une mise à jour d’un module externe.