Je vais prendre le cas de SMTP mais c’est la même chose pour POP3 et IMAP.
A l’origine, SMTP utilise le port 25. Mais le protocole n’était pas sécurisé, la communication était en clair. On a donc créé une variante sécurisée sur le modèle de HTTPS, avec chiffrement implicite. On intercale une couche SSL entre la connexion TCP et le dialogue SMTP. Le chiffrement SSL est dit implicite car le client et le serveur savent que la communication va être sécurisée, et commence par un dialogue SSL. Une fois la négociation SSL effectuée, le dialogue SMTP s’effectue.
Avantage : pas de modification du protocole SMTP.
Inconvénient : il a fallu définir un port différent car un serveur écoutant sur le port 25 ne s’attend pas à un dialogue SSL. Le port choisi est le 465, désigné SMTPS.
Plus tard on a créé une nouvelle variante sécurisée par TLS avec chiffrement explicite : le dialogue SMTP commence en clair puis le client demande au serveur de passer en TLS pour sécuriser la communication. Une fois la négociation TLS effectuée, le dialogue SMTP peut continuer.
Avantage : pas besoin de définir un autre port, on peut réutiliser le port 25 puisque le dialogue SMTP commence de façon non sécurisée.
Inconvénient : il a fallu modifier le protocole SMTP pour ajouter les commandes TLS (STARTTLS).
POP3 et IMAP ont suivi le même chemin.
Le port 110 est utilisé par POP3 en clair ou avec chiffrement TLS explicite.
Le port 995 est utilisé par POP3S avec chiffrement SSL implicite.
Le port 143 est utilisé par IMAP en clair ou avec chiffrement TLS explicite.
Le port 993 est utilisé par IMAPS avec chiffrement SSL implicite.
Ensuite, les variantes avec chiffrement SSL implicite et les ports correspondants ont été déclarées “deprecated” (obsolètes et déconseillées) au profit des variantes avec chiffrement TLS explicite. Mais rien ne t’empêche de les utiliser si tes serveurs et tes clients les supportent.
PS : le port 587 est réservé au protocole “Submission” qui est un sous-ensemble de SMTP utilisé entre un client et un serveur relais sortant (alors que SMTP est normalement utilisé entre deux serveurs).